Las infecciones suelen responder al tratamiento en varias semanas. Sin embargo, muchas infecciones por hongos son resistentes al tratamiento y pueden tardar bastante tiempo y tener que realizar tratamientos repetidos para que la cura sea efectiva. Las infecciones pueden propagarse y se pueden desarrollar infecciones bacterianas secundarias. Los medicamentos para las infecciones micóticas, suelen ser fuertes y su uso puede causar efectos secundarios indeseables como dolor de cabeza, mareos, náuseas, vómitos o dolor abdominal. Las infecciones por hongos no suelen ser graves en personas sanas. Sin embargo, una infección sistémica por hongos sí puede ser grave y potencialmente mortal en personas con sistemas inmunes comprometidos.