Algunos niños con microcefalia van a tener una inteligencia normal y  unas adecuadas fases del desarrollo, a pesar de que la cabeza siempre será pequeña para su edad y sexo. Pero dependiendo de la causa y la gravedad de la microcefalia, entre algunas de las complicaciones más repetidas se pueden encontrar:

• Los retrasos del desarrollo, como en el habla y el movimiento
• Las dificultades de coordinación y equilibrio
• Enanismo o estatura baja
• Distorsiones faciales
• Hiperactividad
• Retraso mental
• Convulsiones