Por lo general, no hay tratamiento que permita contrarrestar el reducido tamaño de la cabeza del individuo que produce la microcefalia.  En caso de padecerse tampoco se conocen maneras de revertir la enfermedad.

El tratamiento se centra en las formas de manejar la condición de los pacientes afectados. Programas de intervención temprana durante la infancia, que incluyen el habla, terapia física y ocupacional puede ayudar a que el desarrollo cognitivo, psicológico y psicosocial del paciente pueda desarrollarse de la manera más normal posible, mejorando sus habilidades en todas la áreas de tratamiento.

Algunas complicaciones de la microcefalia, tales como convulsiones o hiperactividad, se puede tratar con medicamentos.

Los medicamentos son de uso frecuente para controlar las convulsiones, hiperactividad, y síntomas de índole neuromuscular. Se recomienda en caso de que un descendiente padezca la enfermedad, acudir a una asesoría genética para que la familia entienda el riesgo de microcefalia en embarazos posteriores.