El molusco contagioso generalmente se diagnostica por la aparición de características protuberancias perladas o de color carne, sobre la zona afectada de la piel. 

Si hay alguna duda, el especialista médico puede tomar muestras de piel de la zona infectada y verlos con un microscopio. La infección puede ocurrir en cualquier parte del cuerpo excepto las palmas de las manos o las plantas de los pies. 

En los niños, las infecciones suelen aparecer en la cara, el cuerpo y los brazos y las piernas. En los adultos, las infecciones también pueden aparecer en el área genital. En estos casos la infección se considera una ETS.