Es la temperatura que se toma en ayunas y en reposo.

La curva de temperatura basal en ciclos ovulatorios es bifásica, con un desnivel entre ambas fases de al menos 0,2ºC. En la fase posovulatoria, la hipertermia se prolonga unos 10-16 días como consecuencia de la ovulación y la secreción posterior de progesterona. El registro de la temperatura basal es un procedimiento sencillo, es un dato orientador, útil, en el estudio de los trastornos funcionales del ciclo.

Para un correcto registro de la temperatura basal debe utilizarse siempre el mismo termómetro, tomar la temperatura por la mañana, antes de levantarse y en el mismo sitio (preferentemente vaginal), anotar la temperatura diariamente siendo muy útiles las gráficas milimetradas. Una curva bifásica es compatible con ciclo ovulatorio y una curva anormal, monofásica, es consecuencia de un ciclo anovulatorio o un cuerpo lúteo insuficiente.

Si la temperatura basal se mantiene alta más de 16 días, debe pensarse en una gestación precoz.